Itä-Suomen Biopankki

Päivä tutkimusapulaisena Itä-Suomen Biopankin IT:ssä

09.09.2019

Itä-Suomen Biopankki tallettaa suostumuksen antaneiden henkilöiden näytteitä ja niihin liittyviä tietoja. Näytteitä luovutetaan terveyttä edistävään tutkimukseen sekä terveydenhuollossa ja sairaanhoidossa käytettävien tuotteiden ja palvelujen kehittämiseen. Kyseisistä näytteistä kerääntyy paljon tietoa, jota varastoidaan tietokantaan. Tällä tiedolla ei kuitenkaan ole mitään merkitystä, jos siitä ei osata käsitellä ja ymmärtää, siksi Itä-Suomen biopankilla on tietoteknikot, eli IT.

IT hyödyntää erinäisiä tietokantojen käsittelyyn ja data-analyysiin soveltuvia koodikieliä suurien tietomäärien kartoittamiseen. Me emme ainoastaan etsi ja esitä tietoa, vaan myös jalostamme sitä. Suunnittelemme tietokantoja, koostamme tietokannoista määrittävää tietoa, sekä teemme esiselvityksiä. Tässä blogissa kuvaan tyypillistä työpäivääni tutkimusapulaisena Itä-Suomen Biopankin IT:ssä.

Aloitan työpäiväni noin puoli kahdeksan aikoihin. Työpisteeni on ”sivulabrassa”, jossa minun lisäksi työskentelevät tutkimushoitajat Ulla ja Pauliina, sekä suunnittelija Sami. Toisinaan biopankin laboratoriohoitajat vierailevat sivulabrassamme mittaamassa näytteiden DNA-pitoisuuksia, muuten he käsittelevät biopankkinäytteitä varsinaisessa laboratoriossa.

Tarkistan ensin sähköpostini. Kokeneelta tietoteknikolta, Timolta, on saapunut viesti, jossa hän kertoo tuovansa iltapäivällä uuden tietopaketin käsiteltäväkseni. Sähköpostien lukemisen jälkeen ryhdyn käsittelemään aiempaa tietopakettia. Suurten tietomäärien käsittelyyn soveltuvalla Python koodikielellä voin seuloa tehokkaasti tietoa sadoista tuhansista tietopaketin tekstisyötteistä.

Sami tekee asiakkaan pyytämää esiselvitystä, missä hän hakee näytemääriä tietokannasta. Sami hyödyntää SQL koodikieltä, jolla hän voi tarkkaan määrittää, kuinka paljon biopankilla on asiakkaan haluamia näytteitä. Haussa täytyy osata lääketieteellisiä termejä, mikä on yksi useista syistä, miksi biopankissa tarvitaan bioinformatiikkaa, eli biologian ja tietotekniikan soveltamista. Seuraamme satunnaisesti toistemme töitä, sekä jaamme ideoita ja neuvoja keskenämme. Päivä on lähtenyt hyvin käyntiin ja pian alkaa projektipalaveri, parasta ottaa kahvia mukaan.

Palaverit ovat olennainen osa biopankkitoimintaa, sillä biopankki koostuu tiettyihin tehtäviin erikoistuneista ammattilaisista. Kyseiset ammattilaiset muodostavat omat sektorinsa biopankin henkilökunnassa. Näiden sektorien välinen kommunikaatio on välttämätöntä biopankin toiminnassa. Kukin sektoreista myös pitävät aika ajoin sisäisiä palaverejaan. IT-palavereissa suunnittelemme työtehtävien sijoittamista ja IT-strategiaa.

Palaveria seuraa lounas, jonka jälkeen palaan takaisin työpisteelleni. Laadin ja määrään luokittelutietoja aikaisemmin seulomieni tekstisyötteiden perusteella. Luokittelun päätteeksi katsastan koodini läpi ja dokumentoin työprosessini siltä varalta, jos minun tulee palata samankaltaiseen tehtävään tulevaisuudessa.

Hyvää työtä seuraa kahvitauko. Kahvihuone on erinomainen paikka vaihtaa kuulumisia muun biopankin henkilökunnan kanssa. Tämä pitää minut ajan tasalla biopankin tapahtumista paremmin kuin sähköpostien lukeminen. Kahvin kohottamin mielin palataan taasen työpisteelleni. Yksi työni viihdyttävimmistä osa-alueista on tiedon visualisointi, sillä kaaviot kuvaavat selkeämmin suurta tietomäärää.

Timo saapuu työpisteelleni antaakseen uuden tietopaketin käsiteltäväkseni. Näytän hänelle aiemmin käsittelemäni tietopaketin tuloksia, joista vaihtelemme johtopäätöksiä keskenämme. Timo ottaa tulokseni talteen ja ryhdyn seulomaan uutta tietopakettia. Aika rientää ja päivä on jo tullut päätökseen. Muut ovat jo poistuneet illan askareisiinsa, joten sammutan sivulabran valot, lukitsen ovet ja lähden kuntosalille.

Teksti ja kaaviot: Simo Ryhänen

ARKISTO

KYSSiun soteSosteriEssoteUniversity of Eastern Finland