Biopankkitutkimukset

FinnGen is a 10-year study aiming to identify genetic risk factors for thousands of diseases. The third phase of the FinnGen study focuses on deeper analyses of diseases and genetic variants identified in the earlier phases without expanding the current cohort of 520,000 participants. The project will emphasize longitudinal studies of disease progression and therapeutic responses and explore the biological mechanisms of genetic signals in selected diseases. New health data and molecular profiling data will be integrated with the existing data to further boost our understanding of the biological processes underlying disease development in individuals with specific genetic variants. Proteins serve as vital biomarkers for diseases and drug responses, influenced by genetic, clinical, and environmental factors, and are essential for monitoring overall health. To enable proteomic analyses in FinnGen, we will produce proteomic data from selected EDTA plasma samples collected by the Finnish biobanks. We will test whether the Finnish-enriched disease-associated variants have an impact on the plasma protein profile. These analyses can help us to understand which genetically identified targets may be suitable for halting or slowing disease progression and further enhance novel drug development and precision medicine applications.

FinnGen is a 10-year study aiming to identify genetic risk factors for thousands of diseases. The third phase of the FinnGen study focuses on deeper analyses of diseases and genetic variants identified in the earlier phases without expanding the current cohort of 520,000 participants. The project will emphasize longitudinal studies of disease progression and therapeutic responses and explore the biological mechanisms of genetic signals in selected diseases. New health data and molecular profiling data will be integrated with the existing data to further boost our understanding of the biological processes underlying disease development in individuals with specific genetic variants. In this FinnGen sub-effort, we aim to identify rare variants that contribute to bipolar disorder and severe eating disorders by exome sequencing approximately 12,000 FinnGen participants. Current knowledge indicates that mental health disorders have a polygenic genetic background. In addition to a combined effect of many minor genetic risk factors (polygenic risk), sequencing studies have identified rare coding variants with a larger impact on disease risk. Despite their rarity, these variants are important for understanding the biological mechanisms that lead to disease susceptibility, potentially opening up new opportunities for functional studies and novel treatment options.

FinnGen is a 10-year study aiming to identify genetic risk factors for thousands of diseases. The third phase of the FinnGen study focuses on deeper analyses of diseases and genetic variants identified in the earlier phases without expanding the current cohort of 520,000 participants. The project will emphasize longitudinal studies of disease progression and therapeutic responses and explore the biological mechanisms of genetic signals in selected diseases. New health data and molecular profiling data will be integrated with the existing data to further boost our understanding of the biological processes underlying disease development in individuals with specific genetic variants. In this FinnGen sub-effort, we aim to better understand the genetic background of the most common form of polycystic kidney disease, ADPKD. It affects about 1 in 400 to 1,000 people and is primarily caused by mutations in the PKD1 and PKD2 genes. Patients are usually diagnosed in adulthood and face risks like kidney failure, hypertension, and pain. To identify the key factors in ADPKD progression, it is important to know what kind of highly penetrant risk variants contributing to disease susceptibility the patients have. For this, the GWAS-based genotype data currently available in FinnGen is insufficient and thus we will perform exome sequencing on ~800 potential ADPKD cases.

The surge in Alzheimer's disease (AD) blood biomarker research, especially following Leqembi's FDA approval, underscores the urgent need for more specific diagnostic tools. Traditional biomarkers like amyloid PET scans and CSF Aβ42 or pTau assays effectively predict cerebral amyloid plaques but lack specificity in forecasting which Mild Cognitive Impairment (MCI) patients will develop AD dementia symptoms (Ritchie et al., 2014). Developing biomarkers beyond those that predict high amyloid plaque levels remains challenging. Consequently, AD diagnostic companies focus on incremental innovations, striving for less invasive methods than amyloid PET or CSF testing, yet still encountering specificity limitations in predicting which MCI patients will develop AD dementia symptoms in the coming years (Souchet et al., 2023).

Current approaches measure biomarkers such as Aβ42, Aβ40, pTau181, or pTau217 in plasma, but these do not outperform more invasive methods like CSF assays (Ashton et al., 2024). A recent study on the pTau217 biomarker revealed that 53.7% of (pTau217)-positive MCI patients did not develop AD dementia symptoms within three years, underscoring this specificity problem (Lehmann et al., 2024).

AgenT has pioneered an innovative approach using AAV-AD rats (Audrain et al., 2018) to discover blood biomarkers that predict the conversion to AD dementia symptoms, rather than the presence of cerebral amyloid plaques. After extensive research and a multicentric retrospective study on 632 individuals, AgenT identified a panel of highly specific biomarkers and validated two blood tests, B-HEALED (Souchet et al., 2024) and B-AHEAD. These tests are designed to select individuals who will develop AD dementia symptoms from MCI patients and cognitively normal individuals, respectively. The novelty of this methodology lies in combining these biomarkers through machine learning to capture the AD biological complexity. This approach offers a more specific diagnostic tool, potentially transforming early AD detection and intervention.

The primary objective of this collaboration between AgenT and Finnish Biobanks is to quantify multiomics biomarkers in biobanked plasma samples. The analysis and quantifications are part of a larger effort to validate the version II of B-HEALED and B-AHEAD blood tests. Finnish Biobanks will provide the plasma samples and associated clinical data for the study.

Alzheimerin tauti ja otsaohimolohkorappeumat on kansantaloudellisesti merkittäviä dementiaan johtavia hermostoa rappeuttavia sairauksia. Hankkeessa pyritään ymmärtämään mikrogliasolujen solutason mekanismeja hermoston rappeutumisessa. Hankkeessa keskitytään tiettyihin muutoksiin C9ORF72- sekä TYROBP-geeneissä, jotka säätelevät sairastumisriskiä Alzheimerin taudissa ja otsaohimolohkorappeumissa, ja niiden toistaiseksi tuntemattomaan mekanistiseen rooliin mikrogliasoluissa hyödyntäen genomisia tutkimusmenetelmiä. Saatua tietoa mikrogliasolujen solutason mekanismeista hyödynnetään jatkossa yksilöllistetyn lääketieteen sovellutuksissa ennakoivien biomarkkereiden löytämiseksi sekä uusien hoitojen kehittämiseksi.

In the context of the INTERREG Program, the Codex4SMEs consortium aims at improving healthcare by enhancing the adoption of Personalized Medicine (PM) in the North West Europe (NWE) territories and beyond. Numerous gap analyses have in fact shown that NWE countries are falling behind in the worldwide implementation of both personalized medicine and companion diagnostics (Cdx). The consortium is composed by nine members and two sub-partners, each with different backgrounds, experiences and competences. The role of the LIH-IBBL Translational Biomarker Group, TBG for short, is to deliver a service of biomarker (BM) validation aimed at increasing the chances for a putative BM to ‘progess’ from bench to bedside. Codex4SMEs has launched two calls for proposal, back in 2018 and 2019, to invite NWE SMEs developing Cdx, to submit an application for their biomarker to be validated at IBBL. Eventually, five SMEs have been awarded. The German-based SME Mediagnost, one of the five SMEs awarded by the consortium scientific committee, had then submitted a proposal for the validation of a diagnostic and prognostic BM for sepsis. Mediagnost key qualifications‘ lie in the research and development of serological test methods in the indication areas of infectiology and endocrinology’. Mediagnost is the manufacturer of a sandwich assay ELISA kit for the immunoenzymatic quantification of Progranulin. Progranulin (PGRN) is a pleiotropic growth factor with a central role in macrophage recruitment and in the control of innate immunity and inflammation during the early the stages of sepsis. The 68.5 kDa protein is glycosylated and contains 12 disulfid bridges (P28799 Uniprot). The mature secreted protein is cleaved in 6-25kDa fragments called granulins. PGRN is involved in inflammation, wound healing and cell proliferation. Sepsis is a complex, systemic and inflammatory host reaction to an infection and, with a worldwide 1.5 million cases per year, poses a health challenge. The mortality from sepsis is approximately 40% in adults and 25% in children. An early intervention is essential for successful reduction of mortality: each hour delay in antibiotic therapy results in an increase of 7.5% in mortality. Currently diagnosis is mainly based on clinical parameters (e.g., body temperature, circulation parameters, and leucocyte number). Mediagnost is developing a new method to improve diagnosis and for this Finnish Hospital Biobanks samples are utilized.

Endometrioosi on kohtalaisen yleinen hedelmällisessä iässä olevilla naisilla esiintyvä sairaus, jossa kohdun limakalvon kaltaista kudosta esiintyy vatsaontelossa sekä munasarjoissa, aiheuttaen mm. kroonista kipua. Endometrioosi voidaan luokitella eri alatyyppeihin endometrioosipesäkkeiden sijainnin mukaan, ja todennäköisesti näissä eri alatyypeissä myös kivun geneettinen tausta on erilainen. Finngen-tutkimuksessa pyritään selvittämään kroonisen kivun geneettistä taustaa endometrioosin eri alatyypeissä.

FinnGen-tutkimuksessa selvitetään sairauksien mekanismeja yhdistäen biopankkinäytteistä saatavaa genomitietoa terveydenhuollon rekistereihin. FinnGenissä toimivan naisten terveyden ryhmän yhtenä tutkimuskohteena on ihmisen papilloomavirukset, (HPV-virukset), jotka aiheuttavat mm. sukupuolielinten kondyloomia ja kohdunkaulan syöpää. Suurin osa naisista saa HPV-infektion jossain kohti elämässä ja usein infektio paranee itsestään kuukausien kuluessa. Joskus infektio pitkittyy altistaen henkilön eri asteisille kohdunkaulan solumuutoksille tai syövälle. Näiden kohdunkaulan muutosten seuranta lisää henkistä kuormitusta ja ne vaativat myös terveydenhuollon resursseja. Muutosten hoitoon liittyy myös ennenaikaisen synnytyksen riski tulevissa raskauksissa. Riski vakavampien muutosten kehittymiselle on suurempi tiettyjen HPV-tyyppien kohdalla ja naisilla, joilla on immuunipuutos. Kuitenkaan usein ei voida ennustaa, kenellä infektio vaatii hoitoa.

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on löytää uusia diagnostisia, hoidon tehoa ja potilaan ennustetta kuvaavia merkkiaineita sekä lääkeaineiden kohdemolekyylejä harvinaisista kasvaimista. Kiinnostuksemme kohteena on kymmeniä harvinaisia kasvaimia, jotka voidaan jaotella neljään pääluokkaan: 1) endokriiniset ja neuroendokriiniset kasvaimet, 2) primaariin sklerosoivaan kolangiittiin liittyvät kasvaimet, 3) harvinaiset ihokasvaimet ja 4) muut harvinaiset kasvaimet kuten GIST-kasvain (gastrointestinal stromal tumor), hemangiomablastooma ja rintaimplantteihin assosioituva suurisoluinen lymfooma. Hyödynnämme tutkimusmateriaalin keräämisessä suomalaista biopankkiverkostoa, jonka kautta anomme käyttöömme potilaiden kasvainnäytteitä sekä potilastietoja. Tähän retrospektiiviseen tutkimukseen ei rekrytoida erikseen potilaita vaan tutkimme heistä jo otettuja kudosnäytteitä. Pääasialliset menetelmät tutkimuksemme toteuttamiseen ovat RNA-sekvensointi ja immunohistokemia.

Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää diabeteksen ja harvinaisten munuaissairauksien komplikaatioille altistavia kliinisiä ja geneettisiä tekijöitä.

The purpose of the Sirkku-project is to develop and improve early cancer diagnostics. Project is based on the use of particle -based labels and new cancer specific biological binders. The aim is to develop new life saving diagnostic assays which can help to decrease considerably the mortality rate of the cancer patients. / Sirkku-hankkeen tarkoituksena on kehittää ja parantaa syövän varhaista diagnostiikkaa. Hanke perustuu partikkelipohjaisten merkkiaineiden ja uusien syöpäspesifisten sitojamolekyylien käyttöön. Projektin lopputuotteena on tavoitteena saada markkinoille uusi diagnostiikkakäyttöön soveltuva määritys, jonka avulla potilaskuolleisuutta voidaan merkittävästi pienentää.

Terveydenhuollon rekisteritietoja täydennetään niiltä FinGen-tutkimuksen osallistuneilta tutkittavilta, joilla on todettu joko astma, keuhkoahtaumatauti tai keuhkofibroosi (IPF). Tämä täydentävä kliininen potilastieto kerätään tutkittavan omasta biopankista ja se sisältää tietoa keuhkotilavuus - ja kaasujenvaihto tutkimuksista ja uloshengitysilman typpioksidi pitoisuudesta, joitakin veriarvoja (IgE-vasta-aineet, CRP ja veren eosinofiilit ja neutrofiilit), sellaisia lääkkeitä, joita käytetään vain sairaalahoidossa. Näillä tiedoilla pyritään vastaamaan kolmeen kysymykseen yhdessä rekisteritiedon kanssa: 1) onko tutkittavan astma/keuhkoahtaumatauti ja keuhkofibroosi diagnoosi luotettava ja oikein? 2) onko potilaalla astma vai keuhkoahtaumatauti vai piirteitä kummastakin sairaudesta? 3) voimmeko tunnistaa astman/keuhkoahtaumataudin/keuhkofibroosin alatyyppejä, joiden hoito poikkeaa toisistaan?

Tämän tutkimusprojektin tarkoituksena on selvittää sydämen vajaatoiminnan yhteyttä geneettisiin tekijöihin hyödyntäen perimän laajuista assosiaatioanalyysiä (GWAS) FinnGen-projektiin osallistuneiden henkilöiden näytteiden ja kliinisten tietojen avulla. Tässä tutkimuksessa yhteistyössä eri biopankkien ja sairaaloiden kanssa kartoitetaan sydämen vajaatoimintaan sairastuneiden FinnGen-osallistujien kliinistä kuvaa tarkemmin hakien mm. laboratoriotuloksia ja sydämen kuvantamisdataa yhdistämällä FinnGenin geneettiseen ja rekisteritietoon. Tutkimuksesta saatu tieto lisäisi tietämystämme sydämen vajaatoiminnan geneettisestä epidemiologiasta, patofysiologiasta ja mahdollistaisi löytämään uusia terapeuttisia kohteita.

Projektin tavoitteena on laajentaa ymmärrystä kasvojen alueen kehityksen geenisäätelystä. Aikaisempi tutkimus on paljastanut erilaisia geneettisiä tekijöitä, jotka liittyvät suun halkioihin, yleisimpiin kasvojen alueen kehityshäiriöihin. Suomessa käynnissä oleva laaja väestötutkimus, FinnGen, on nyt paljastanut IRF6-geenin säätelyalueessa sekvenssimuutoksen, joka on yhteydessä suulakihalkion muodostumiseen. Tarkoituksemme on varmistaa tämä havainto ja selvittää tarkemmin millainen ilmiasu sekvenssimuutoksen kantajilla on. Käytämme biopankkinäytteitä myös muiden FinnGen-tutkimuksen osoittamien halkioihin liittyvien geenialueiden sekä muiden tunnettujen halkiota aiheuttavien geenien tutkimiseen.

Age-related macular degeneration (AMD) is a leading cause of blindness in older adults and is projected to affect 288 million people by the year 2040 (Ruan 2021 International Journal of Molecular Sciences). Late-stage AMD occurs in two forms, wet AMD, characterized by neovascularization, and dry AMD, characterized by geographic atrophy and degeneration of the neuroretina. While treatments exist for the wet form of late AMD (approximately 10% of late AMD patients), they are not effective for all wet AMD patients, and no therapies are currently approved for dry AMD, which represents most AMD patients, approximately 90% (Jager 2008 NEJM). The complement factor H (CFH) gene locus is well established as having a strong association with AMD. In this study, Biogen aims to further validate genes at the CFH locus for relevance in AMD by combining genetic data with proteomic data in AMD patients and control group.

Kolmasosalla aikuisväestöstä on rasvamaksatauti (FLD), joka altistaa maksakirroosille, diabetekselle ja sydän- ja verisuonitaudeille. Pääosa potilaista on ilman diagnoosia. Tutkimuksessa yhdistämme biopankeista saatavaa kliinistä tietoa Finngen-tutkimuksen tuottamaan geenitietoon. Täten pyrimme tunnistamaan ja erottelemaan potilaat, joilla on rasvamaksataudin etenevä muoto ja joilla on suuri riski saada maksaongelmia, diabetes tai sydän- ja verisuonisairauksia, niistä, joilla on lievempi sairaus. Tutkimme tietokonealgoritmilla yleensä muun syyn vuoksi tehtyjen ylävatsakuvausten röntgenlausuntoja rasvamaksataudin toteamiseksi Helsingin, Kuopion, Tampereen ja Turun sairaaloiden tietoaltaissa. Oletamme löytävämme 30 000 FLD-potilasta ja 100,000, joilla ei varmuudella ole tautia. Sitten FLD-diagnoosi ja laboratoriotulokset koskien diabetesta ja metabolista oireyhtymää yhdistetään geneettiseen dataan.

Extracellular vesicles (EVs) are small lipid bilayer particles released by normal and pathological cells. EVs can transport different components, like proteins, mRNA, fragments, non-coding RNAs, and lipids between cells. EVs are known to participate in cell-cell communication, tumor-stromal interactions, signal pathway activations, and immunomodulation. In case of cancer and neurodegenerative diseases, it is known that EVs can transport initiative factors. Because neurodegenerative diseases and cancers are increasing globally there is a need for novel methods in early diagnostics and in personalized treatment methods. In this study EV ecosystem is aiming to promote the usage of EVs to overcome these challenges by identifying true characteristics and usability of EVs.

Lynchin syndrooma (LS) on autosomaalisesti periytyvä syöpäoireyhtymä, joka altistaa lähes kaikille vatsan alueen syöville. Lisääntyneen syöpäalttiuden oireyhtymässä aiheuttaa ituratamutaatio yhdessä tai useammassa DNA:n kopiovirheen korjausgeenissä (MLH1, MSH2, MSH6 ja PMS2). Urologiset syövät ovat LS-potilaiden kolmanneksi yleisin syöpätyyppi kolorektaali- ja endometriumsyöpien jälkeen. Jopa kolmasosa LS-miehistä sairastuu eturauhassyöpään ja joka viides LS-potilaista uroteelisyöpään. Ylävirtsateiden uroteelisyövän suhteen riski on yli 10-kertainen muuhun väestöön verrattuna. Tavoitteena on selvittää Suomen LS-rekisterin pohjalta LS-potilaiden urologisten syöpien kliinis-patologiset erityispiirteet ja geneettinen tausta. Kasvainten molekyyligeneettiset profiilit analysoidaan ja etsitään sopivat diagnostiset markkerit hyödyntäen kasvainten geenikirjastoja. Saatuja tuloksia hyödynnetään LS-potilaiden seulonnan järjestämisessä ja urologisten syöpien varhaisdiagnostiikan kehittämisessä.

Gene fusions represent an important class of somatic alterations in cancer. They have become important biomarkers for cancer diagnosis, prognosis, and targeted therapies due to their inherent expression in tumor tissue alone. Biocartis is developing diagnostic tools for these fusions. The aim of this study is to evaluate the diagnostic accuracy of the Idylla™ GeneFusion Panel 1.x against the comparators chosen as per the intended purpose. Biobank samples will be used to evaluate the accuracy of the company’s GeneFusion Panel.

FinnGen3 yhdistää geenidatan kliinisten parametrien kanssa tähdäten parempaan ymmärrykseen AMD:n etiologiasta, progressiosta, kliinisen kuvan vaihtelevuudesta ja yksilöllisestä hoidosta.

Olemme analysoineet Suomessa diagnosoituja umpilisäkkeen kasvaimia yhteensä 472. Tutkimuksen mukaan umpilisäkkeen histologinen diagnoosi muuttui 25%:lla, kun gastropatologi arvioi kasvaimen histologian uudelleen. Osatyössä II arvioimme 2007–2013 diagnosoitujen umpilisäkkeen kasvainten histologian uudelleen tarkastaaksemme, muuttuuko alkuperäinen diagnoosi kokeneiden gastropatologien arvion myötä. Osatyössä III uudelleenarvioidaan sokkoutetusti kaikkien 52:n MANEC- ja goblet cell -tuumorin sekä 65:n pseudomyksooman/musinoottisen kasvaimen histologia.

The adaptive immune system is constantly responding to stimuli; from new and chronic infections to developing autoimmune diseases and cancer. The cells of the adaptive immune system display specialized receptors, T- and B-cell receptors (TCRs and BCRs), each with unique sequences in their genome encoding their receptor. It is estimated that every individual has on the order of 100 million unique receptors in their immunome, the collection of an individuals’ receptors, making it orders of magnitude larger than the genome. The massive diversity of the immunome has the potential to recognize millions of possible disease antigens, the ability to read the responses to these antigens will enable new diagnostics, therapies and understanding of diseases. Adaptive Biotechnologies has developed a platform for sequencing the DNA of these receptors quantitatively and at high-throughput. In partnership with Microsoft, Adaptive has developed computational methods to identify TCR signatures for individual diseases by comparing TCR repertoires from cohorts of cases and controls. The aim of this project in partnership with FINBB is to identify TCR signatures across autoimmune and inflammatory diseases to enable new diagnostics and treatments.

Terveyttä edistävän ruokavalion ja sitä tukevan syömiskäyttäytymisen ja elintapojen omaksumisen avulla voidaan tehokkaasti ehkäistä kroonisia kansansairauksia, kuten tyypin 2 diabetesta. Tutkimuksella pyritään ensimmäistä kertaa selvittämään Itä-Suomen Biopankkiin biopankkisuostumuksen antaneiden ruokavalion laatua, syömiskäyttäytymistä sekä muita elämäntapoja ja tutkia niihin yhteydessä olevia perimä- ja kroonisten sairauksien riskitekijöitä. Tietoa voidaan tulevaisuudessa käyttää entistä vaikuttavampien ja yksilöllisempien elintapainterventioiden toteuttamiseen elintapamuutosten tueksi. Lisäksi tällä tutkimuksella kehitämme biopankkien ja terveydenhuollon käyttöön soveltuvaa ruokavalion laadun arviointimenetelmää, Ruokavalioindeksiä, sekä luomme toimintamallia tulevaisuuden kroonisten sairauksien ehkäisyyn tähtääville digitaalisille elintapainterventioille osana biopankkien toimintaa.

Integrating artificial intelligence (AI) to build a multi-modal data-driven approach for early diagnosis of breast cancer. This research would enable to study the features associated with tumor progression and optimize the treatment plan. We develop machine learning, deep learning methodologies that has the potential of identifying high-risk individuals, reducing false-positives, identifying individuals with high risk of relapse and enhancing the quality of cancer patient's life.

T-solulymfoomat ovat länsimaissa harvinaisen lymfooman alaryhmä. Niiden luokittelu ja biologia tunnetaan huonosti, mikä heijastuu huonoina hoitotuloksina. Alustavissa tutkimuksissamme vaikuttaa, että EMT –markkerit SLUG ja TWIST kykenevät erottamaan T-solulymfoomien joukosta aiemmin tuntemattoman huonoennusteisen alatyypin. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on toistaa nämä tulokset laajemmassa materiaalissa siten, että se pystyttäisiin erottamaan muista lymfoomatyypeistä. Myöhemmin on tarkoitus sekvensoinnein ja soluviljelymenetelmin tutkia tämän lymfoomatyypin biologiaa ja pyrkiä löytämään siihen tehoavia lääkkeitä. Tämän tutkimuksen tieteellinen merkitys ja arvo on kuvata uusi, tällä hetkellä huonoennusteinen T-solulymfooma-alatyyppi ja löytää siihen parempia hoitoja ja pyrkiä parantamaan potilaita, jotka lähes aina menehtyvät nykyhoidoin lymfoomaansa.

FINEGO on kansallinen monikeskustutkimus, johon osallistuvat kaikki Suomen ruokatorvi- ja mahasyöpäkirurgian yksiköt. FINEGOssa tutkitaan leikattujen ruokatorvi- ja mahasyöpäpotilaiden leikkauksia, komplikaatioita, sairastavuutta ja ennustetta. FINEGOn tavoitteena on löytää keinoja vähentää näihin syöpäsairauksiin liittyviä komplikaatioita ja oheissairauksia, sekä parantaa syöpien ennustetta ja syövistä selviytymistä.

Alzheimerin tauti (AT) on yleisin muistisairauksista. Tarkka ja helppokäyttöinen varhaisvaiheen diagnostiikka olisi tärkeää aikaisen hoidon aloituksen ja uusien hoitomuotojen kehittämisen sekä taudinkulun seurannan kannalta. Suomalaisesta FinnGen-tutkimushankkeesta on muodostunut yksi suurimmista ja kattavimmista potentiaalisista AT tutkimuskohorteista koko maailmassa. Tällä hetkellä FinnGeniin sisältyvät tiedot genetiikasta ja rekistereistä eivät kuitenkaan ole riittävän tarkkoja kuvaamaan taudin vaihetta ja etenemistä. Tutkimuksemme tavoitteena on tunnistaa FinnGenin ja biopankin rekisteritietojen perusteella kohderyhmä, joka kutsutaan biopankin kautta tarkempiin tutkimuksiin. Vastaanotolla tapahtuvan neuropsykologisen tutkimuksen lisäksi käytämme laiteavusteista menetelmää sekä puhelinhaastattelua, jotka tarjoavat nopean ja edullisen tavan kognition arviointiin ja seurantaan.

Tutkimus selvittää Lynchin syndrooman paksusuolisyövän morfologisia erityispiirteitä ja suhteuttaa niitä kasvainten molekyylipatologisiin ominaisuuksiin ja potilaan ennusteeseen ja hoitovaihtoehtoihin.

Noin 1-2 % kaikista haiman kasvaimista on neuroendokriinisia kasvaimia. Kasvaimet jaotellaan ns. toimiviin ja toimimattomiin kasvaimiin. On ajateltu, että pienimmät kasvaimet voidaan poistaa vain kasvain tekemättä suurempaa ja riskialttiimpaa haimaresektiota. Kuitenkin myös osa näistä varsin pienistä ja hyväennusteisena pidetyistä kasvaimista osoittautuu yllättäen haiman ulkopuolisiin imusolmukkeisiin levinneiksi. Näitä tapauksia on haasteellista tunnistaa nykyisellä diagnostiikalla. Tavoitteena on löytää uusia ennusteellisia tekijöitä haiman neuroendokriinisten kasvainten diagnostiikkaa ja hoidon suunnittelua varten. Analysoimme leikattujen potilaiden kudosnäytteistä paneelin immunohistokemiallisia markkereita TMA-tekniikalla, glykomiikkaa ja näiden assosiaation WHO-gradeeraukseen, kasvaimen stageen ja survivaliin sekä eri ennusteellisiin kuvantamislöydöksiin.

Insulinoomat ovat harvinaisia neuroendokriinisia kasvaimia, jotka tuottavat insuliinia. Niiden ilmaantuvuus on lisääntymässä. Olemme tutkineet ilmaantuvuutta, kliinisiä piirteitä, diagnostiikkaa ja hoitoa Suomessa 1980-2010 todetuista insulinoomista aiemmin. Nyt tutkimme näytteistä, kuinka nykyinen WHO-luokitus ja muut histopatologiset piirteet ennustavat elossa oloa, taudin etenemistä, ja potilaiden muuta sairastavuutta.

The adaptive immune system is constantly responding to stimuli; from new and chronic infections to developing autoimmune diseases and cancer. The cells of the adaptive immune system display specialized receptors, T- and B-cell receptors (TCRs and BCRs), each with unique sequences in their genome encoding their receptor. It is estimated that every individual has on the order of 100 million unique receptors in their immunome, the collection of an individuals’ receptors, making it orders of magnitude larger than the genome. The massive diversity of the immunome has the potential to recognize millions of possible disease antigens, the ability to read the responses to these antigens will enable new diagnostics, therapies and understanding of diseases. Adaptive Biotechnologies has developed a platform for sequencing the DNA of these receptors quantitatively and at high-throughput. In partnership with Microsoft, Adaptive has developed computational methods to identify TCR signatures for individual diseases by comparing TCR repertoires from cohorts of cases and controls. The aim of this project in partnership with FinBB is to identify TCR signatures across autoimmune and inflammatory diseases to enable new diagnostics and treatments.

HSF-molekyylit ovat solujen stressivastetta sääteleviä tekijöitä ja niiden tärkein tehtävä on suojella solua proteiineja vahingoittavalta stressiltä. Ihmisen soluissa ilmenee viisi erilaista HSF-molekyyliä, joista HSF1 on välttämätön solun selviytymiselle akuutista stressistä. Tässä tutkimuksessa tarkastellaan, miten HSF1 ja HSF2 ilmenevät ihmisen verenkiertoelimistön soluissa. Tutkimuksen tavoite on tunnistaa ne molekyylitason mekanismit, joilla HSF-molekyylit suojelevat sydän- ja verenkiertoelimistön kudoksia erilaisilta stressitekijöiltä.

Gyroscope Therapeutics want to assess whether the biobanks can identify individuals with dry AMD who may be eligible for a gene therapy trial. Participant inclusion criteria includes the presence of a rare genetic variant in the CFI gene, as carriers are expected to respond to treatment. As only ~3% AMD cases carry CFI rare variants, we would like to assess which dry AMD cases identified have DNA available for testing, and which cases have consented for recontacting. This information will be used to estimate the likelihood of finding sufficient eligible cases to open a trial site in Helsinki.

The adaptive immune system tells us a lot about our health from infectious diseases we have encountered to developing autoimmune disorders. The aim of this project is to decode adaptive immune signatures of autoimmune disorders in order to diagnose them faster and easier.

Digitaalisen patologian ja biopankkien kehittyvään toimintaan tarvitaan lisätietoa kudosvärjäytymisen variaatioista, jotka aiheutuvat värjäysprosessista ja digitalisaatiosta. Kuva-analyysimetodologian laajentumismahdollisuudet ja -vaihtoehdot ovat laajat. Viimeaikainen laitteistojen kehittyminen sekä nykyisen suuntauksen mukainen histopatologisten kuvien tuottaminen tietokantojen kautta mahdollistavat eri metodien vertailun ja näin ollen histopatologisen tutkimuksen kehittymisen. Tutkimuksemme avulla digitaalisen patologian ala ja biopankit saavat uusia työkaluja värjättyjen kudoskuvien analyysiin. Viime aikoina useat tutkimukset ovat keskittyneet lääketieteellisen kuvantamisen standardisaatioon liittyviin kysymyksiin. Koneoppiminen, syväoppiminen ja tietyt erotusmenetelmät luovatkin mahdollisuuksia jatkotutkimuksille.

APECED on perinnöllinen harvinaissairaus, jossa tietyn geenin muutokset johtavat vasta-aineiden tuotantoon omia kudoksia kohtaan. Potilailla sairauden oireet vaihtelevat paljon, esimerkiksi hormonivajeista munuaistulehdukseen ja imeytymishäiriöön. Jotta voimme tarkasti määrittää luustomuutoksia, tutkimme luusto-, rusto- ja luuydinnäytteitä. Lisäksi sairaudessa potilaiden veren puolustusjärjestelmän solumäärät poikkeavat terveistä solumääristä. Tämän merkityksen arvioimiseksi tutkimme samojen soluryhmien esiintymistä kudosnäytteistä. Vertaamme potilaiden kudosnäytteiden tuloksia ikä- ja sukupuolivakioidusti valittuihin vertailunäytteisiin.

Uusia kurkunpääsyöpiä todetaan Suomessa vuosittain noin 120. T1-äänihuulisyövän ennuste on samankaltainen riippumatta siitä, hoidetaanko syöpäkasvain ensisijaisesti sädehoidolla vai kirurgisesti. Kurkunpääsyövässä ei ole tunnistettu sellaisia kliiniseen työhön soveltuvia kudosmerkkiaineita, joiden perusteella taudin ennustetta voitaisiin arvioida diagnoosihetkellä. Tutkimuksen tavoitteena on selvittää tekijöitä, jotka altistavat T1-äänihuulisyövän uusiutumiselle. Tutkimuksen avulla pyritään tunnistamaan ne potilaat, joilla syöpä todennäköisimmin uusiutuu. Tutkimus toteutetaan monikeskustutkimuksena siten, että analysoimme kaikissa Suomen viidessä yliopistosairaalassa vuosina 2003–2013 todetut T1-äänihuulisyövät. Tämän jälkeen haemme biopankkien avulla niiden potilaiden näytteet, joilta arkistoitua syöpäkudosta on jäljellä. Tarkoituksena on selvittää immunohistokemiallisilla menetelmillä tiettyjen merkkiaineiden ilmentymistä näytteissä.

Hyperaldosteronismia on hoidettu toispuoleisella lisämunuaisen poistoleikkauksella, jos lisämunuaisten kuvauksessa on nähty puoliero. Useiden tutkimusten perusteella jopa kolmasosa näistä poistoleikkauksista on tehty väärin perustein. Kyseessä on biopankki- ja rekisteritutkimus. Tutkimusaineisto kerätään koko Suomesta ajalla 2000–2019 leikatuista hyperaldosteronismipotilaista, joista on saatavilla lisämunuaiskudosnäyte. Tutkimuksen tavoitteena on vertailla takautuvasti suositusten mukaisen diagnostiikan läpikäyneiden sekä perinteisen anatomisen kuvauksen perusteella leikkaukseen valittujen potilaiden lisämunuaisnäytteiden immunohistokemiallista positiivisuutta. Lisäksi tavoitteena on arvioida, kuinka suuri osuus lisämunuaisista on tuottanut myös kortisolia tai ainoastaan aldosteronia. Seurantatutkimuksessa 10 vuoden kuluttua arvioidaan parasta lateralisaatiometodia ja sen mahdollisuutta vähentää valtimotaudin riskejä.

Puolustusjärjestelmän soluilla on keskeinen rooli syövän synnyssä ja etenemisessä. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, korreloiko tiettyjen solujen määrä ihon melanosyyttisissä kasvaimissa tai tuumorin stroomassa taudin pahanlaatuisuuden kanssa ja liittyvätkö nämä tekijät taudin ennusteeseen. Tutkimuksessa tarkastellaan lisäksi, korreloivatko nämä immuunivastetta heikentävät tekijät tiettyjen solujen määrään melanoomassa. Tavoitteena on saada lisää tietoa ihon hyvänlaatuisten ja pahanlaatuisten melanosyyttisten muutosten biologiasta sekä mahdollisesti löytää uusia biomerkkiaineita, joilla olisi ennusteellista tai diagnostista merkitystä melanoomapotilaiden hoidossa.

Tutkimuksessa selvitetään raskauden aikana otetuista verinäytteistä steroidihormonien ja tiettyjen proteiinien (RANK-ryhmä, the Receptor Activator of Nuclear factor κ-B) yhteyttä raskauden jälkeen todettavaan kohonneeseen rintasyöpäriskiin.

Tutkimuksessa tutkitaan potilaiden verinäytteitä syöpäseulonnan aikana. Tavoitteena on tunnistaa verestä kiertävän kasvain-DNA:n pitoisuuksia sekä ymmärtää geenien aktiivisuudesta kertovan mikro-RNA:n käyttäytymistä riippumatta kliinisen seurannan löydöksistä. Näin pyritään kehittämään luotettavaa diagnostista menetelmää, jolla eri elinten syöpiä voitaisiin tulevaisuudessa havaita nykyisiä menetelmiä aiemmin. Koska erityisesti perinnöllisiä syöpiä yhdistävät samat tyypilliset geenimuunnokset, pyrimme tunnistamaan myös näitä, mikä toimii taustatyönä samanaikaisesti toisaalla kehitettävän syöpärokotteen tutkimuksessa.

Tutkimuksessa on tavoitteena selvittää, kuinka hyvin biopankkipotilaiden hoitoilmoitusrekisteriin (HILMO) kirjatut nivelreumadiagnoosit vastaavat potilastietojärjestelmistä löytyviä kliinisiä tietoja. Kyseessä on tiettävästi ensimmäinen HILMO-rekisterin nivelreumadiagnoosien validaatiotutkimus. Tutkimus antaa täysin uutta tietoa nivelreumadiagnoosien paikkansapitävyydestä terveydenhuollon rekistereissä. HILMO-rekisterin diagnoosien oikeellisuudesta ei ole tutkittua tietoa reumatologian alalta. Tämä tieto on ensiarvoisen tärkeää rekisterin tietoihin nojaavien jatkotutkimusten kannalta. Erityisen tärkeää diagnoosien oikeellisuus on FinnGen-tutkimuksessa, jossa tieto potilaiden perimästä yhdistetään terveydenhuollon rekistereistä saatavaan terveystietoon. Luotettavin tapa selvittää diagnoosin asianmukaisuus on tutkia riittävän monen nivelreumadiagnoosin saaneen potilaan tiedot sairaskertomusjärjestelmästä sekä selvittää, kuinka suurella osalla potilaista diagnoosin on asettanut reumatologi ja kuinka suurella osalla nivelreuman diagnostiset kriteerit täyttyvät.

Suonikalvoston melanooma on aikuisten yleisin silmänsisäinen pahanlaatuinen kasvain, johon Suomessa sairastuu vuosittain 65 potilasta. Sairastuneista 50 %:lle kehittyy etäpesäkkeitä 25 vuoden seurannassa. Keskimääräinen eloonjäämisaika on valikoitumattomassa potilasaineistossa noin 8 kk. Tällä hetkellä levinneestä suonikalvoston melanoomasta ei ole kansainvälisesti yhtenevää seurantaohjelmaa tai konsensusta hoidosta. Kyseessä on potilasasiakirjoihin pohjautuva takautuva tutkimus. Aineisto koostuu HYKS:n silmäklinikassa 1999-2016 hoidetuista potilaista, joita on noin 1100 ja levinnyt tauti on todettu noin 500 potilaalla. Tutkimuksessa selvitetään ylävatsan kaikukuvauksen ja tietokone- tai magneettikuvauksen yhtäpitävyyttä etäpesäkkeiden toteamishetkellä. Lisäksi selvitetään hoitopolkuja ja hoitotuloksia ja ilman aktiivihoitoa seurattujen potilaiden elinaikaa.

Diabetes on nopeasti lisääntyvä aineenvaihduntasairaus, joka on yksi merkittävimmistä kansanterveydellisistä ja -taloudellisista uhkista maailmanlaajuisesti. Suurimmaksi osaksi hyvillä elintavoilla ehkäistävissä oleva tyypin 2 diabetes kattaa noin 90 % kaikista diabetestapauksista. Keskeisin yhteinen piirre sairauden eri ilmentymismuodoille on häiriintynyt sokeriaineenvaihdunta. Yleistyvä raskausajan diabetes on merkittävä terveydellinen riski sekä äidille että lapselle lisäten muun muassa molempien riskiä sairastua tyypin 2 diabetekseen. Selvitämme elintapatekijöiden yhteyttä raskausajan ja tyypin 2 diabetekseen Itä-Suomen Biopankin pilottitutkimuksena yhteistyössä Itä-Suomen yliopiston StopDia-projektin tutkijoiden kanssa. Kehitämme uudenlaisen toimintamallin elintapatietojen yhdistämiseksi biopankkiaineistoon. Tutkimuksen tulosten avulla on tulevaisuudessa mahdollista kehittää luotettavaa sairastumisriskin arviointia sairauksien ennaltaehkäisemisen avuksi.

Pohjois-Savon ihosyöpäohjelmaan (PoSiho) kuuluvassa tutkimuksessa vastataan seuraavaan kysymykseen: ennustavatko ihon aurinkovaurioissa olevat immuunijärjestelmän merkkiaineet ihosyövän kehittymistä? Tutkimus on käynnistetty sen vuoksi, koska ihosyövät ja ihon aurinkovauriot ovat lisääntyneet väestössä voimakkaasti. Potilaan hoidon ja tutkimuksen yhteydessä ajalla 1.1.2000 - 31.8.2013 KYSissä otettuun ja Biopankkiin siirrettyyn melanooma-aineistoon kuuluu satoja näytteitä, jotka ryhmitellään kehittymisen, alatyypin ja erityispiirteiden mukaisiin ryhmiin. Tutkimuksen odotetaan tuottavan suhteellisen nopeasti muutamassa vuodessa uusia diagnostisia työkaluja käytännön kliiniseen työhön melanoomia arvioitaessa ja riskipotilaita tunnistettaessa.

D-vitamiini suojaa kiistattomasti tuki- ja liikuntaelinten sairauksilta, ja sen vastaavaa merkitystä tartuntataudeissa, autoimmuunisairauksissa ja syövässä sekä useissa muissa sairauksissa tutkitaan. Tutkimuksen ensimmäisessä osassa pyritään kuvaamaan Itä-Suomen Biopankin materiaalista Kuopion yliopistollisen sairaalan potilaiden D-vitamiinistatus vähintään kerran tehdyn 25(OH)D-mittauksen perusteella (noin 10 000 henkilöä). Analysoimme potilaiden D-vitamiinitason ja eri sairauksien välisen yhteyden. Tämä tukee tai kumoaa oletuksen D-vitamiinin suojaavasta roolista sairauksissa. Tutkimuksen toisessa osassa materiaali koostuu potilaista, joille 25(OH)D on mitattu vähintään kahdesti. D-vitamiinin taso ja sen dynaaminen alue ovat ennusteellisia arvoja. Niillä voi olla merkitystä sairauksien ennaltaehkäisyssä etenkin pohjoismaisissa väestöryhmissä, kuten Itä-Suomessa.

Henoch-Schönlein purppura (HSP) on pääasiassa lapsilla esiintyvä sairaus, jonka tyypillisiä oireita ovat eriasteiset iho-, vatsa-, nivel-, munuaisoireet. Pitkäaikaisennuste on riippuvainen munuaisoireiden vaikeusasteesta ja kestosta. Pahimmillaan HSP voi aiheuttaa vaikean munuaisten vajaatoiminnan, joka voi johtaa dialyysiin ja munuaisensiirtoon. Tutkimuksessa selvitetään munuaiskoepalojen ennusteellista merkitystä HSP-potilailla. Tavoitteena on parantaa HSP-potilaiden diagnostiikkaa ja pystyä tunnistamaan huonon loppu tuleman suhteen riskissä olevat potilaat nykyistä paremmin, jolloin tautia pystytään hoitamaan näillä potilailla aktiivisemmin.

Keuhkon karsinoidituumorit ovat harvinainen keuhkosyövän alatyyppi. Niitä diagnosoidaan Suomessa vuosittain vain muutamia kymmeniä, minkä takia diagnosointi- ja hoitokäytäntöjen kehittäminen on ollut hankalaa. Yleisesti ottaen keuhkokarsinoidien ennuste on hyvä: leikkauksella hoidetuista potilaista on elossa viiden vuoden päästä 60 - 90 % karsinoidityypistä riippuen. Kuitenkaan levinneeseen karsinoidituumoriin ei ole olemassa parantavaa hoitoa. Lisäksi karsinoidituumorien metastaasit saattavat ilmentyä vasta vuosien päästä, minkä takia pitkä seuranta-aika on tarpeen. Tämän tutkimuksen tavoitteena on koota suomalaisilta keuhkokarsinoidipotilailta leikkauksen yhteydessä arkistoituja kudosnäytteitä noin 20 vuoden ajalta. Tämän materiaalin avulla pyrimme tunnistamaan tekijöitä, joilla voitaisiin parantaa taudin diagnostiikka tai ennusteen arviointia sekä oppia kohdentamaan hoito ja seuranta paremmin.

Useissa epiteliaalista alkuperää olevissa pahanlaatuisissa syöpäkasvaimissa voi taudin aggressiivisuuteen ja huonoon ennusteeseen liittyä hyaluronaanin (soluväliaineen pitkäketjuinen sokerimolekyyli) kerääntyminen kasvaimen soluvälitilaan. Tutkimuksessa selvitetään, onko hyaluronaanilla ja sen aineenvaihduntaan osallistuvilla proteiineilla ennusteellista merkitystä munuaissyövässä. Tutkimus pyrkii myös antamaan vastauksia siihen, pystyykö syöpäsolua ympäröivä hyaluronaani suojelemaan sitä elimistön omalta immuunipuolustukselta, ja onko hyaluronaanin kerääntymisellä tai vähentymisellä yhteyttä tapahtumasarjaan missä syöpäsolu saa kyvyn levitä sitä ympäröiviin kudoksiin.

FinnGen on julkisen ja yksityisen sektorin yhteinen tutkimushanke, johon osallistuvat suomalaiset yliopistot, sairaanhoitopiirit, THL, Veripalvelu, biopankit sekä useat kansainväliset lääkeyritykset. Koko Suomen kattava FinnGen-tutkimushanke on suomalaisten yhteinen tutkimus, jonka merkittävimmät löydökset voivat löytyä kenen tahansa näytteestä ja auttaa ihmisiä ympäri maailmaa. FinnGen-tutkimuksen päätavoitteena on sairausmekanismien parempi ymmärtäminen yhdistämällä genomi- ja terveystietoa. Hankkeen odotetaan tuovan uutta tietoa terveydenhuollon ja sairaanhoidon tehostamiseksi, mikä hyödyttää jokaista kansalaista tulevaisuudessa. Tämä on mahdollista vain suuria näytemääriä analysoimalla. Siksi tavoitteena on saada tutkimukseen biopankkien kautta puolen miljoonan suomalaisen näytteet. Lisätietoa: finngen.fi