Biopankkitutkimukset

Digitaalinen patologia ja biopankit – kuva-analyysimetodologian kehittäminenTapio Seppänen, Md. Ziaul Hoque / Oulun yliopisto

Digitaalisen patologian ja biopankkien kehittyvään toimintaan tarvitaan lisätietoa kudosvärjäytymisen variaatioista, jotka aiheutuvat värjäysprosessista ja digitalisaatiosta. Kuva-analyysimetodologian laajentumismahdollisuudet ja -vaihtoehdot ovat laajat. Viimeaikainen laitteistojen kehittyminen sekä nykyisen suuntauksen mukainen histopatologisten kuvien tuottaminen tietokantojen kautta mahdollistavat eri metodien vertailun ja näin ollen histopatologisen tutkimuksen kehittymisen. Tutkimuksemme avulla digitaalisen patologian ala ja biopankit saavat uusia työkaluja värjättyjen kudoskuvien analyysiin. Viime aikoina useat tutkimukset ovat keskittyneet lääketieteellisen kuvantamisen standardisaatioon liittyviin kysymyksiin. Koneoppiminen, syväoppiminen ja tietyt erotusmenetelmät luovatkin mahdollisuuksia jatkotutkimuksille.

APECED-sairauden vaikutukset luustoon ja puolustusjärjestelmäänOuti Mäkitie, Saila Laakso / HUS

APECED on perinnöllinen harvinaissairaus, jossa tietyn geenin muutokset johtavat vasta-aineiden tuotantoon omia kudoksia kohtaan. Potilailla sairauden oireet vaihtelevat paljon, esimerkiksi hormonivajeista munuaistulehdukseen ja imeytymishäiriöön. Jotta voimme tarkasti määrittää luustomuutoksia, tutkimme luusto-, rusto- ja luuydinnäytteitä. Lisäksi sairaudessa potilaiden veren puolustusjärjestelmän solumäärät poikkeavat terveistä solumääristä. Tämän merkityksen arvioimiseksi tutkimme samojen soluryhmien esiintymistä kudosnäytteistä. Vertaamme potilaiden kudosnäytteiden tuloksia ikä- ja sukupuolivakioidusti valittuihin vertailunäytteisiin.

T1-äänihuulisyövän ennuste ja uusiutumista ennustavat merkkiaineetLeena-Maija Aaltonen, Pihla Pakkanen / HUS

Uusia kurkunpääsyöpiä todetaan Suomessa vuosittain noin 120. T1-äänihuulisyövän ennuste on samankaltainen riippumatta siitä, hoidetaanko syöpäkasvain ensisijaisesti sädehoidolla vai kirurgisesti. Kurkunpääsyövässä ei ole tunnistettu sellaisia kliiniseen työhön soveltuvia kudosmerkkiaineita, joiden perusteella taudin ennustetta voitaisiin arvioida diagnoosihetkellä. Tutkimuksen tavoitteena on selvittää tekijöitä, jotka altistavat T1-äänihuulisyövän uusiutumiselle. Tutkimuksen avulla pyritään tunnistamaan ne potilaat, joilla syöpä todennäköisimmin uusiutuu. Tutkimus toteutetaan monikeskustutkimuksena siten, että analysoimme kaikissa Suomen viidessä yliopistosairaalassa vuosina 2003–2013 todetut T1-äänihuulisyövät. Tämän jälkeen haemme biopankkien avulla niiden potilaiden näytteet, joilta arkistoitua syöpäkudosta on jäljellä. Tarkoituksena on selvittää immunohistokemiallisilla menetelmillä tiettyjen merkkiaineiden ilmentymistä näytteissä.

Uudet immunohistokemialliset mahdollisuudet hyperaldosteronismin diagnostiikassaNiina Matikainen / HUS

Hyperaldosteronismia on hoidettu toispuoleisella lisämunuaisen poistoleikkauksella, jos lisämunuaisten kuvauksessa on nähty puoliero. Useiden tutkimusten perusteella jopa kolmasosa näistä poistoleikkauksista on tehty väärin perustein. Kyseessä on biopankki- ja rekisteritutkimus. Tutkimusaineisto kerätään koko Suomesta ajalla 2000–2019 leikatuista hyperaldosteronismipotilaista, joista on saatavilla lisämunuaiskudosnäyte. Tutkimuksen tavoitteena on vertailla takautuvasti suositusten mukaisen diagnostiikan läpikäyneiden sekä perinteisen anatomisen kuvauksen perusteella leikkaukseen valittujen potilaiden lisämunuaisnäytteiden immunohistokemiallista positiivisuutta. Lisäksi tavoitteena on arvioida, kuinka suuri osuus lisämunuaisista on tuottanut myös kortisolia tai ainoastaan aldosteronia. Seurantatutkimuksessa 10 vuoden kuluttua arvioidaan parasta lateralisaatiometodia ja sen mahdollisuutta vähentää valtimotaudin riskejä.

Hyaluronaanin, makrofagien, FoxP3+ regulatoristen T-solujen ja IDO:n merkitys melanoomassa ja niiden korrelaatio kasvaimen CD8+ ja grantsyymi B+ lymfosyytti-infiltraatioonSanna Pasonen-Seppänen / Itä-Suomen yliopisto

Puolustusjärjestelmän soluilla on keskeinen rooli syövän synnyssä ja etenemisessä. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, korreloiko tiettyjen solujen määrä ihon melanosyyttisissä kasvaimissa tai tuumorin stroomassa taudin pahanlaatuisuuden kanssa ja liittyvätkö nämä tekijät taudin ennusteeseen. Tutkimuksessa tarkastellaan lisäksi, korreloivatko nämä immuunivastetta heikentävät tekijät tiettyjen solujen määrään melanoomassa. Tavoitteena on saada lisää tietoa ihon hyvänlaatuisten ja pahanlaatuisten melanosyyttisten muutosten biologiasta sekä mahdollisesti löytää uusia biomerkkiaineita, joilla olisi ennusteellista tai diagnostista merkitystä melanoomapotilaiden hoidossa.

Transient increase in breast cancer risk after pregnancy: Understanding mechanisms linking pregnancy and healthRenée Turzanski Fortner / German Cancer Research Center (DKFZ)

Tutkimuksessa selvitetään raskauden aikana otetuista verinäytteistä steroidihormonien ja tiettyjen proteiinien (RANK-ryhmä, the Receptor Activator of Nuclear factor κ-B) yhteyttä raskauden jälkeen todettavaan kohonneeseen rintasyöpäriskiin.

Lynch Syndrome: a platform for testing future cancer diagnostics and preventive methodsToni Seppälä / HUS

Tutkimuksessa tutkitaan potilaiden verinäytteitä syöpäseulonnan aikana. Tavoitteena on tunnistaa verestä kiertävän kasvain-DNA:n pitoisuuksia sekä ymmärtää geenien aktiivisuudesta kertovan mikro-RNA:n käyttäytymistä riippumatta kliinisen seurannan löydöksistä. Näin pyritään kehittämään luotettavaa diagnostista menetelmää, jolla eri elinten syöpiä voitaisiin tulevaisuudessa havaita nykyisiä menetelmiä aiemmin. Koska erityisesti perinnöllisiä syöpiä yhdistävät samat tyypilliset geenimuunnokset, pyrimme tunnistamaan myös näitä, mikä toimii taustatyönä samanaikaisesti toisaalla kehitettävän syöpärokotteen tutkimuksessa.

Nivelreuman HILMO-diagnoosien validaatiotutkimusOuti Kaipiainen-Seppänen / KYS Reumatautien poliklinikka

Tutkimuksessa on tavoitteena selvittää, kuinka hyvin biopankkipotilaiden hoitoilmoitusrekisteriin (HILMO) kirjatut nivelreumadiagnoosit vastaavat potilastietojärjestelmistä löytyviä kliinisiä tietoja. Kyseessä on tiettävästi ensimmäinen HILMO-rekisterin nivelreumadiagnoosien validaatiotutkimus. Tutkimus antaa täysin uutta tietoa nivelreumadiagnoosien paikkansapitävyydestä terveydenhuollon rekistereissä. HILMO-rekisterin diagnoosien oikeellisuudesta ei ole tutkittua tietoa reumatologian alalta. Tämä tieto on ensiarvoisen tärkeää rekisterin tietoihin nojaavien jatkotutkimusten kannalta. Erityisen tärkeää diagnoosien oikeellisuus on FinnGen-tutkimuksessa, jossa tieto potilaiden perimästä yhdistetään terveydenhuollon rekistereistä saatavaan terveystietoon. Luotettavin tapa selvittää diagnoosin asianmukaisuus on tutkia riittävän monen nivelreumadiagnoosin saaneen potilaan tiedot sairaskertomusjärjestelmästä sekä selvittää, kuinka suurella osalla potilaista diagnoosin on asettanut reumatologi ja kuinka suurella osalla nivelreuman diagnostiset kriteerit täyttyvät.

Levinneen suonikalvoston melanooman hoitotuloksetTero Kivelä, Elina Rantala / HUS, Silmäpatologian laboratorio

Suonikalvoston melanooma on aikuisten yleisin silmänsisäinen pahanlaatuinen kasvain, johon Suomessa sairastuu vuosittain 65 potilasta. Sairastuneista 50 %:lle kehittyy etäpesäkkeitä 25 vuoden seurannassa. Keskimääräinen eloonjäämisaika on valikoitumattomassa potilasaineistossa noin 8 kk. Tällä hetkellä levinneestä suonikalvoston melanoomasta ei ole kansainvälisesti yhtenevää seurantaohjelmaa tai konsensusta hoidosta. Kyseessä on potilasasiakirjoihin pohjautuva takautuva tutkimus. Aineisto koostuu HYKS:n silmäklinikassa 1999-2016 hoidetuista potilaista, joita on noin 1100 ja levinnyt tauti on todettu noin 500 potilaalla. Tutkimuksessa selvitetään ylävatsan kaikukuvauksen ja tietokone- tai magneettikuvauksen yhtäpitävyyttä etäpesäkkeiden toteamishetkellä. Lisäksi selvitetään hoitopolkuja ja hoitotuloksia ja ilman aktiivihoitoa seurattujen potilaiden elinaikaa.

Lifestyle factors in gestational and type 2 diabetes – a pilot study to integrate lifestyle data into Biobank of Eastern FinlandArto Mannermaa / Kuopion yliopistollinen sairaala, Itä-Suomen Biopankki

Diabetes on nopeasti lisääntyvä aineenvaihduntasairaus, joka on yksi merkittävimmistä kansanterveydellisistä ja -taloudellisista uhkista maailmanlaajuisesti. Suurimmaksi osaksi hyvillä elintavoilla ehkäistävissä oleva tyypin 2 diabetes kattaa noin 90 % kaikista diabetestapauksista. Keskeisin yhteinen piirre sairauden eri ilmentymismuodoille on häiriintynyt sokeriaineenvaihdunta. Yleistyvä raskausajan diabetes on merkittävä terveydellinen riski sekä äidille että lapselle lisäten muun muassa molempien riskiä sairastua tyypin 2 diabetekseen. Selvitämme elintapatekijöiden yhteyttä raskausajan ja tyypin 2 diabetekseen Itä-Suomen Biopankin pilottitutkimuksena yhteistyössä Itä-Suomen yliopiston StopDia-projektin tutkijoiden kanssa. Kehitämme uudenlaisen toimintamallin elintapatietojen yhdistämiseksi biopankkiaineistoon. Tutkimuksen tulosten avulla on tulevaisuudessa mahdollista kehittää luotettavaa sairastumisriskin arviointia sairauksien ennaltaehkäisemisen avuksi.

Pohjois-Savon ihosyöpäohjelma PoSiho, immunomarkkerit melanooman kehittymisen arvioinnissaIlkka Harvima / Itä-Suomen yliopisto, Kuopion yliopistollinen sairaala, Ihotautienklinikka

Pohjois-Savon ihosyöpäohjelmaan (PoSiho) kuuluvassa tutkimuksessa vastataan seuraavaan kysymykseen: ennustavatko ihon aurinkovaurioissa olevat immuunijärjestelmän merkkiaineet ihosyövän kehittymistä? Tutkimus on käynnistetty sen vuoksi, koska ihosyövät ja ihon aurinkovauriot ovat lisääntyneet väestössä voimakkaasti. Potilaan hoidon ja tutkimuksen yhteydessä ajalla 1.1.2000 - 31.8.2013 KYSissä otettuun ja Biopankkiin siirrettyyn melanooma-aineistoon kuuluu satoja näytteitä, jotka ryhmitellään kehittymisen, alatyypin ja erityispiirteiden mukaisiin ryhmiin. Tutkimuksen odotetaan tuottavan suhteellisen nopeasti muutamassa vuodessa uusia diagnostisia työkaluja käytännön kliiniseen työhön melanoomia arvioitaessa ja riskipotilaita tunnistettaessa.

Vitamin D status and dynamics of Kuopio University Hospital patientsCarsten Carlberg / Itä-Suomen Yliopisto, Lääketieteen laitos, Biolääketieteen yksikkö

D-vitamiini suojaa kiistattomasti tuki- ja liikuntaelinten sairauksilta, ja sen vastaavaa merkitystä tartuntataudeissa, autoimmuunisairauksissa ja syövässä sekä useissa muissa sairauksissa tutkitaan. Tutkimuksen ensimmäisessä osassa pyritään kuvaamaan Itä-Suomen Biopankin materiaalista Kuopion yliopistollisen sairaalan potilaiden D-vitamiinistatus vähintään kerran tehdyn 25(OH)D-mittauksen perusteella (noin 10 000 henkilöä). Analysoimme potilaiden D-vitamiinitason ja eri sairauksien välisen yhteyden. Tämä tukee tai kumoaa oletuksen D-vitamiinin suojaavasta roolista sairauksissa. Tutkimuksen toisessa osassa materiaali koostuu potilaista, joille 25(OH)D on mitattu vähintään kahdesti. D-vitamiinin taso ja sen dynaaminen alue ovat ennusteellisia arvoja. Niillä voi olla merkitystä sairauksien ennaltaehkäisyssä etenkin pohjoismaisissa väestöryhmissä, kuten Itä-Suomessa.

HSP – Henoch-Schönleinin purppura -glomerulonefriitti lapsillaTimo Jahnukainen / HUS Lastenklinikka

Henoch-Schönlein purppura (HSP) on pääasiassa lapsilla esiintyvä sairaus, jonka tyypillisiä oireita ovat eriasteiset iho-, vatsa-, nivel-, munuaisoireet. Pitkäaikaisennuste on riippuvainen munuaisoireiden vaikeusasteesta ja kestosta. Pahimmillaan HSP voi aiheuttaa vaikean munuaisten vajaatoiminnan, joka voi johtaa dialyysiin ja munuaisensiirtoon. Tutkimuksessa selvitetään munuaiskoepalojen ennusteellista merkitystä HSP-potilailla. Tavoitteena on parantaa HSP-potilaiden diagnostiikkaa ja pystyä tunnistamaan huonon loppu tuleman suhteen riskissä olevat potilaat nykyistä paremmin, jolloin tautia pystytään hoitamaan näillä potilailla aktiivisemmin.

Biomarkkerit keuhkon karsinoidituumoreissaJohanna Arola / HUSLAB

Keuhkon karsinoidituumorit ovat harvinainen keuhkosyövän alatyyppi. Niitä diagnosoidaan Suomessa vuosittain vain muutamia kymmeniä, minkä takia diagnosointi- ja hoitokäytäntöjen kehittäminen on ollut hankalaa. Yleisesti ottaen keuhkokarsinoidien ennuste on hyvä: leikkauksella hoidetuista potilaista on elossa viiden vuoden päästä 60 - 90 % karsinoidityypistä riippuen. Kuitenkaan levinneeseen karsinoidituumoriin ei ole olemassa parantavaa hoitoa. Lisäksi karsinoidituumorien metastaasit saattavat ilmentyä vasta vuosien päästä, minkä takia pitkä seuranta-aika on tarpeen. Tämän tutkimuksen tavoitteena on koota suomalaisilta keuhkokarsinoidipotilailta leikkauksen yhteydessä arkistoituja kudosnäytteitä noin 20 vuoden ajalta. Tämän materiaalin avulla pyrimme tunnistamaan tekijöitä, joilla voitaisiin parantaa taudin diagnostiikka tai ennusteen arviointia sekä oppia kohdentamaan hoito ja seuranta paremmin.

Hyaluronan metabolism in kidney cancer: Role of tumor microenvironment in epithelial-to-mesenchymal transition and tumor immune recognitionTimo K. Nykopp / Kuopion yliopistollinen sairaala, Kirurgia

Useissa epiteliaalista alkuperää olevissa pahanlaatuisissa syöpäkasvaimissa voi taudin aggressiivisuuteen ja huonoon ennusteeseen liittyä hyaluronaanin (soluväliaineen pitkäketjuinen sokerimolekyyli) kerääntyminen kasvaimen soluvälitilaan. Tutkimuksessa selvitetään, onko hyaluronaanilla ja sen aineenvaihduntaan osallistuvilla proteiineilla ennusteellista merkitystä munuaissyövässä. Tutkimus pyrkii myös antamaan vastauksia siihen, pystyykö syöpäsolua ympäröivä hyaluronaani suojelemaan sitä elimistön omalta immuunipuolustukselta, ja onko hyaluronaanin kerääntymisellä tai vähentymisellä yhteyttä tapahtumasarjaan missä syöpäsolu saa kyvyn levitä sitä ympäröiviin kudoksiin.

Kansallinen FinnGen-geenitutkimusAarno Palotie / FIMM, THL, Helsingin yliopisto

FinnGen on julkisen ja yksityisen sektorin yhteinen tutkimushanke, johon osallistuvat suomalaiset yliopistot, sairaanhoitopiirit, THL, Veripalvelu, biopankit sekä useat kansainväliset lääkeyritykset. Koko Suomen kattava FinnGen-tutkimushanke on suomalaisten yhteinen tutkimus, jonka merkittävimmät löydökset voivat löytyä kenen tahansa näytteestä ja auttaa ihmisiä ympäri maailmaa. FinnGen-tutkimuksen päätavoitteena on sairausmekanismien parempi ymmärtäminen yhdistämällä genomi- ja terveystietoa. Hankkeen odotetaan tuovan uutta tietoa terveydenhuollon ja sairaanhoidon tehostamiseksi, mikä hyödyttää jokaista kansalaista tulevaisuudessa. Tämä on mahdollista vain suuria näytemääriä analysoimalla. Siksi tavoitteena on saada tutkimukseen biopankkien kautta puolen miljoonan suomalaisen näytteet. Lisätietoa: finngen.fi

ARKISTO